فایفر در سانتا آنا در ایالت کالیفرنیا به دنیا آمد و دومین فرزند از چهار فرزند ریچارد فایفر و دونا بود. پدرش پیمانکار و مادرش خانه دار بود. وی دارای یک برادر بزرگتر به نام ریک و دو خواهر کوچکتر بنام‌های دیدی و لوری است که هر دو بازیگر هستند. پدر میشل اصلیتی از آلمان – هلند – ایرلند دارد و مادرش سوئدی سوئیسی است. خانواده فایفر به مدوی کالیفرنیا نقل مکان کردند و میشل دوران کودکی خود را در انجا سپری کرد. وی در دبیرستان Fountain Valley High School درس خواند و بعد از سه سال فارغ‌التحصیل شد در ان زمان وی در سوپر مارکت Vons کار می‌کرد. وی سپس به کالجGolden West College رفت و تصمیم گرفت تا وارد حرفه بازیگری شود. در مراسم دختر شایسته شهر خود شرکت کرد و برنده آن مسابقه شد و سپس به لوس انجلس رفت و کار خود را با بازی در تبلیغات آغاز کرد.