هنری کویل در جزیرهٔ جرسی، زادگاه مادرش به دنیا آمد و کودکی خود را در آنجا گذراند. پدرش کولین کویل در نیروی دریایی بود و سپس در بازار سهام کار کرد. مادرش ماریان خانه‌دار بود و پنج پسر داشت. هنری فرزند چهارم بود. او ابتدا به مدرسهٔ ابتدایی سنت مایکل رفت و در اجراهای مدرسه شرکت کرد. سپس به مدرسهٔ پسرانهٔ سنتی در بوکینگام شایر رفت. کویل تصمیم گرفت جزیره را در ترک کند، زیرا آن مکان دورافتاده امکان پیشرفت نداشت. اما در مدرسهٔ شبانه‌روزی هم راحت نبود. از آنجایی‌که هنری در وسط سال به آنجا رفته بود، همکلاسی‌هایش او را نمی‌پذیرفتند. او قدکوتاه و چاق بود.

هنری کویل در کنار بن افلک
این شرایط از یک سو شخصیت او را شکل داد و از سوی دیگر باعث شد در اجراها شرکت کند. هنری گفت هنگامی که به تئاتر مدرسه رفت و در نقش قهرمان باستانی ظاهر شد، احساس نمی‌کرد کسی به او می‌خندد. او همچنین در عرصهٔ ورزش هم فعال بود و راگبی، هاکی و کریکت بازی می‌کرد و جز تیم مدرسه بود.
با این حال به تاریخ باستان علاقه داشت و نمی‌خواست به حرفهٔ سینما یا ورزش وارد شود. تصمیم داشته به دانشگاه رفته و در رشتهٔ مصرشناسی تحصیل کند و سپس مانند برادر بزرگ‌ترش به ارتش بپیوندد. بنابراین هرگز در رشتهٔ بازیگری تحصیل نکرد و پس از فارغ‌التحصیلی به بازیگری روی آورد.