او در ماساچوست آمریکا متولد شد ولی دارای ریشه‌های انگلیسی، ایرلندی، اسکاتیش و ولزی است. پدرش یک کشیش پروتستان و مادرش در گذشته خواننده بوده. مورهد بعدها شش سال از سنش را کاست و ادعا کرد که سال ۱۹۰۶ به دنیا آمده. اولین فیلمش را در سه سالگی بازی کرد. وقتی خانواده شهر محل زندگیشان را تغییر دادند، انگیزهٔ مورهد برای بازیگر شدن افزایش یافت. مادرش با گفتن جملهٔ «امروز می‌خوای کی باشی اگنس؟» مخالفت خودش را از این تصمیم اگنس بیان می‌کرد. او و خواهرش سر میز شام ادای هم را در می‌آوردند و حرکات یکدیگر را تقلید می‌کردند.
اگنس توسط پدرش همواره تشویق می‌شد. او اعتقاد عمیقی به دین داشت. دیک سرجنت می‌گفت: «وقتی اگنس سر صحنه می‌رسید، در یک دستش انجیل و در دست دیگرش فیلم نامه بود.»
مورهد در ۱۹۱۸ از دبیرستان فارغ‌التحصیل شد. با اینکه پدرش همیشه عشق به بازیگری او را تحسین می‌کرد ولی از او می‌خواست که تحصیلات عالی را بگذراند. او در ۱۹۲۳ مدرک لیسانسش را در اهایو گرفت و در طول دوران دانشگاهش، نمایش‌های زیادی را اجرا کرد. او بعدها دکترای افتخاری ادبیات را نیز از این دانشگاه کسب کرد. خانواده‌اش دوباره نقل مکان کردند. اگنس در شهر جدید محل زندگی پنج سال به تدریس پرداخت و در این دوره موفق به دریافت مدرک دکترای زبان انگلیسی شد.