داستان فیلم
در یک هتل متروکه در شهری بزرگ، یک زن که بعدا مشخص می‌شود نامش ترینیتی است، در تنگنای پلیس گیر افتاده‌است. با این‌حال، او با کمک توانایی‌های ابرقهرمانی خود، موفق به شکست آن‌ها گریز از مهلکه می‌شود اما نیروی پلیس دست به تعقیب او می‌زند. علاوه‌بر نیروی پلیس، گروه دیگری از ماموران که دارای قابلیت‌های ابرقهرمانی خاصی هستند نیز به تعقیب او می‌پردازند. ترینیتی وارد کیوسک تلفن عمومی می‌شود و تلفنی که زنگ می‌خورد را بر‌میدارد. او تنها چند ثانیه قبل از این که کیوسک تلفن مورد اصابت کامیونی حامل ماموران قرار بگیرد، ناپدید می‌شود. برنامه‌نویس کامپیوتری به نام توماس اندرسون، با نام مستعار «نئو» در جامعه هکرها، احساس می‌کند یک مشکلی وجود دارد، چرا که در محیط آنلاین دائما با عبارت ماتریکس[E ۳] روبرو می‌شود. ترینیتی با تماس می‌گیرد و می‌گوید پاسخ سوالات او نزد مورفئوس است. گروهی از ماموران به‌همراه نیروی پلیس به رهبری مامور اسمیت، به محل کار نئو می‌رسند و سراغ او را می‌گیرند. با این‌که مورفئوس تلاش می‌کند به‌نحوی نئو را با کمک تماس تلفنی هدایت کند تا به دست مامورین نیافتد، او دستگیر شده و تحت بازجویی برای کمک به پیدا کردن محل اختفای مورفئوس قرار می‌گیرد. آن‌ها از مورفئوس یه عنوان یک تروریست یاد می‌کنند.
